Формирование почек может сопровождаться разными дефектами. Иногда нарушается расположение почек (эктопия), их ориентация (незавершенный поворот почки), они могут срастаться (подковообразная почка), одна почка может вообще отсутствовать (агенезия почки). Когда отсутствуют обе почки, ребенок не выживает (синдром Поттера). Почечная ткань также может развиваться неправильно. Например, иногда почка содержит множество кист - диагностируют поликистоз почек.

К возможным аномалиям мочеточников относятся: наличие дополнительных мочеточников, аномальное их расположение, сужение или расширение. Моча из мочевого пузыря может поступать обратно в аномальные мочеточники, что повышает вероятность развития инфекции в почках (пиелонефрита). Сужение мочеточника затрудняет прохождение мочи из почки к мочевому пузырю, что вызывает увеличение почки (гидронефроз) и ведет к ее повреждению.