Гемофильная палочка присутствует в верхних дыхательных путях детей и взрослых, но в редких случаях вызывает заболевания. Штамм, который, как правило, является болезнетворным, - палочка Афанасьева - Пфейффера (Hemophilus influenzae). Она может вызывать менингит (воспаление оболочек головного и спинного мозга), бактериемию, септический артрит (воспаление сустава), пневмонию, бронхит, средний отит (воспаление среднего уха), конъюнктивит (воспаление конъюнктивы глаза), синусит и острый эпиглоттит (воспаление надгортанника). Эти заболевания более распространены у детей, но иногда они возникают и у взрослых.

Другие гемофильные палочки могут вызывать инфекции дыхательных путей, внутренней оболочки сердца (эндокардит) и абсцессы мозга. Палочка Дюкре (Hemophilus ducreyi) вызывает шанкроид - болезнь, передаваемую половым путем.